2013年5月26日多特蒙德遭遇失利，积分被追平，在温布利球场的欧冠决赛中多特蒙德遭遇失利，积分被追平，施魏因施泰格帮助拜仁21战胜多特蒙德，获得了欧冠冠军 ，这也是施魏因施泰格的首个欧冠冠军2013年6月2日，在柏林奥利匹克球场对阵斯图加特的德国杯中，施魏因施泰格帮助拜仁慕尼黑32击败对手勇夺德国杯冠军，使拜仁成为德甲足球历史上第一支“三。

拜仁在该赛季创造了多项德甲新纪录，包括单季最高积分91分单季最高分差25分单季最多胜场29场和单季最少失球18球等此外，拜仁还追平了单季最少负场纪录，整个赛季仅输1场2013年5月25日，拜仁在四年内第三次进入欧洲冠军联赛决赛，并在温布利球场以21战胜同国对手多特蒙德，第5次赢得欧洲。

在德甲拥有绝对统治力的拜仁慕尼黑，由于赛季初换帅，而新帅科瓦奇本赛季在拜仁一路磕磕绊绊赛季上半程在积分榜上罕见的被多特蒙德压在身后排在第2位到了赛季中后段好不容易迎来了一波连胜积分追平多特蒙德，然而在上轮做客弗赖堡被逼平，而多特蒙德最后时刻连入两球绝杀沃尔夫斯堡，积分再次被拉开2分。

胡梅尔斯随后吃到黄牌佩里希奇换下布瓦什奇科夫斯基多特蒙德最终5比2胜出，这是拜仁2009年4月1比5负沃尔夫斯堡后，对阵德国球队输得最惨的一次，此役总共7个进球也追平了德国杯决赛最高纪录1958年1959年1986年拜仁42311诺伊尔21拉姆，28巴德斯图伯，17博阿滕，27阿拉巴。